«Hoje despeço-me dos relvados, penduro as botas, mas levo o coração cheio. Não é um adeus ao futebol, porque o futebol fará sempre parte de mim. É apenas o fim de uma etapa maravilhosa da minha vida, para dar início a outras», declarou o defesa direito, em mensagem divulgada nas redes sociais.

O jogador agradeceu a treinadores, colegas, clubes e profissionais com quem trabalhou ao longo de quase duas décadas, deixando ainda um agradecimento especial aos adeptos «por cada aplauso». João Aurélio não revelou qual será o próximo desafio. No entanto, segundo o jornal desportivo Record, será o novo diretor desportivo do Nacional da Madeira, o último clube que representou.

Natural de Nossa Senhora das Neves, no concelho de Beja, o defesa lateral fez a sua formação no Desportivo de Beja, Despertar de Beja e no Vitória de Guimarães. Já a carreira sénior deu início no Penalva do Castelo, em 2007/08. Na época seguinte, rumou para o Nacional da Madeira, onde permaneceu na primeira passagem entre 2008/09 e 2015/16.

Seguiram-se experiências no Vitória de Setúbal e no Moreirense, em ambos os clubes por duas temporadas, antes de representar o Pafos, no Chipre, entre 2020/21 e 2021/22.

Em agosto de 2022, João Aurélio regressou à Madeira e assinou novamente pelo Nacional, clube que representou nas últimas quatro épocas. Ao longo da carreira, somou 17 internacionalizações pelas seleções jovens de Portugal: 11 pelos Sub-21 e seis pelos Sub-20.

Na temporada 2025/26, o jogador debateu-se com alguns problemas físicos, participando em 21 jogos pelo emblema madeirense, que terminou a Primeira Liga no 14.º lugar, com 34 pontos, após uma ávida luta pela manutenção na elite do futebol nacional.